Метода процене покривености ХЦП антителима генерално усваја комбинацију дводимензионалне електрофорезе (2-ДЕ) и протеинске имуноблотинг (Вестерн Блот) технологије, односно 2Д-Вестерн Блот. Тренутно, дводимензионална флуоресцентна разлика гел електрофореза (2Д-ДИГЕ) у 2Д-Вестерн Блоту се обично користи за откривање и анализу покривености ХЦП антителом на дводимензионалном гелу за електрофорезу користећи различите флуоресцентне ознаке и методе развоја флуоресцентне боје. Ово је побољшало тачност евалуације у одређеној мери, уштедећи време и трошкове реагенса. Међутим, технологија заснована на електрофорези ослања се на висококвалитетне резултате електрофорезе, захтева јасне обојене протеинске мрље и има велики утицај на људско расуђивање током анализе резултата, што лако може довести до непоузданих резултата.
Многи протоколи у овој фази користе 2Д-Вестерн Блот (као што је 2Д-ДИГЕ) методе за детекцију покривености и упоређују детекцију ХЦП антитела са бојењем укупног протеина у гелу. Ова врста анализе покривености вам омогућава да процените проценат покривености и може вас упутити да користите специфичнију ЕЛИСА или ортогоналну анализу (као што је масена спектрометрија). Замена 2-ДЕ методе методом масене спектрометрије високе резолуције може прецизно идентификовати типове и релативну количину протеина садржаних у ХЦП узорку. У комбинацији са типовима протеина које ХЦП поликлонска антитела могу препознати, прорачуни подударања могу да добију реалистичнију покривеност. Масена спектрометрија може даље квалитативно и квантитативно да идентификује ХЦП протеине које препознају ХЦП поликлонска антитела.